Helmut Bauer studierte in Tübingen Sozialwissenschaften (Psychologie, Soziologie, Sport- und Erziehungswissenschaft). Er ist ausgebildeter Bauzeichner mit Ausbildungsbefugnis für Hoch- und Tiefbau und war von 1980 bis 2000 Geschäftsführer und Gesellschafter in mehreren Planungsbüros mit Schwerpunkt Niedrigenergiebauten in Holztafelbauweise.
Seit 1990 ist er einer von drei Geschäftsführenden Gesellschaftern des umweltforschungsinstituts tübingen, ufit. Seine Arbeitsschwerpunkte dort sind nachhaltige Stadtentwicklung und in diesem Zusammenhang auch Klimaschutzfragen. Als Berater konzipiert er dazu spezifische Kommunikationskonzepte und begleitet Kommunen bei der Erstellung und Umsetzung von Klimaschutz- oder Quartierskonzepten.
Seine psychologische Ausbildung hilft ihm vor allem bei Konfliktmoderationen und umfassenden Beteiligungsfragen im Auftrag von Ministerien und Behörden.